Ciao broka82,
con la 1.5 l'avevo provata in virtuale su BSD e non c'erano problemi, quindi direi che vale lo stesso per le nuove versioni.
Questa l'installazione su freeBSD di joomla (compreso di requisiti, magari chiedi al tuo hosting se soddisfa i requisiti per il cms joomla (99% direi di si), [size=78%]
http://docs.joomla.org/FreeBSD_Installation[/size]!
Su FreeBSD al limite potresti avere problemi con estensioni particolari, che richiedono librerie un po' diverse...dovresti valutare bene la tua scelta, ma se è un server tuo non avrai nessun problema a installarle.
I sistemi operativi BSD sono ottimi per server, dipende sempre che ci devi fà