Ma guarda che il problema potresti non essere tu, se e' colpa di un acaro questi potrebbe essere entrato tramite un altro sito pogiato su quel server e aver messo mani sul resto, se non erro hai detto che il server e' a pagamento, un servizio abbastanza serio fa anche dei bck appunto per ripristinare siti che hanno subito attacchi.
Alla fine se sono entrati modificandoti i file per rompere le scatole non penso lo rifacciano, salva tutto compreso db e conserva una copia, poi metti tutto on-line, nel caso risucceda ripristini e via, al momento opportuno secondo disponibilita' ti fai cambiare le psw del sito
