Ad ogni modo se vuoi comunque impostare un link affinché google riconosca una sola home, puoi usare questo metodo:
nei tag head del template incolli<?php $app = JFactory::getApplication();
$menu = $app->getMenu();
if ($menu->getActive() == $menu->getDefault()) { ?>
<link rel="canonical" href="http://www.mysite.com" />
<?php } ?>
In questo modo ogni qualvolta il core genera i contenuti della home, il link usato sarà quello specificato in href=""
Spero di aver risolto il tuo problema