Allora: se hai attivato mod_rewrite in Joomla disattivalo, quindi da una qualsiasi cartella d'installazione di joomla fai upload di htaccess.txt nella cartella di Joomla, elimina .htaccess, rinomina l'htaccess.txt che hai appena uploadato a .htaccess e modificalo se vuoi attivare mod_rewrite.
(versione facile: copia da htaccess.txt tutto quello che c'è scritto e incolla su .htaccess cancellando quello che c'era prima. MOdifica a piacere se attivi i SEF urls).