Non credo sia colpa di Joomla, probabilmente è il servizio di hosting al quale ti appoggi che ha dei problemi.
Se ti posso dare un consiglio, prima di fare qualunque tipo di modifica "importante" o di aggiornamento su un sito, fai sempre prima un bel backup, perdi 10 minuti ma nè guadagni in salute di fegato dopo!