Ciao p3pp3s,
in tanto fai attenzione perché non tutte la pagine le meta description duplicate indicano pagine duplicate.
Il modo migliore, e suggerito da google, è quello di specificare la URL canonica cioè la tua pagina preferita, in questo modo la cosa non ti porterà danno dal punto di vista SEO.
Non è possibile eliminare le URL non SEF, ma quella che specifichi mi pare una URL generata in maniera diversa perché altrimenti avrebbero coinciso e non avrebbero generato duplicato.
Maurizio ZioPal