Ciao ilvanni, grazie per lo spostamento e per le informazioni!
Alla fine ci sono riuscito. Non ho ben capito il motivo ma sull'installazione locale non ho htaccess.txt e quindi portandolo sul server via FTP non era presente quel file.
Ho quindi scaricato un nuovo Joomla! e ho preso da questo il file htaccess.txt e l'ho messo su FTP. L'ho rinominato, ho disabilitato la voce "Options +FollowSymLinks" del file .htaccess e ho riattivato il SEO di Joomla. Risultato? Funziona tutto e con URL SEF
Grazie ragazzi, pongo il "RISOLTO" nel titolo del thread