In realtà google non ti penalizza istantaneamente.. tramite gli struemnti per webmaster ti chiederà di risolvere il prima possibile gli errori 404 che ti segnala e questo puoi farlo tranquillamente tramite il componente redirect di joomla 2.5/3.x
Avevo pensato anche a qualcosa di più complesso, come ad esempio il redirect solo in caso di 404, cioè nella pagina corrispondente all'errore 404 di joomla, cancellato il codice header che fa della pagina un 404, inserisci un redirect 301 all'indirizzo richiesto nel seguente modo: old.tuosito.xx/indirizzorichiesto.html
Non so però quanto sia fattibile, attendi pareri di più competenti.