Non è quello che c'è dentro.
Ma la presenza stessa del file e NON dovrebbero essereci tutti e due.
Quindi, poichè non so come hai impostato le opzioni di seo, la cosa più semplice da fare è rinominare uno dei due (con un xxx davanti).
Io cancellerei cache, chiuderi il browser e lo riaprirei.
Se non funziona, togli le xxx, rinomina l'altro e stessa procedura di prima.
In sostanza se le opzioni di seo (le prime due) sono a 'si' deve esserci .htaccess, diversamente deve esseri htaccess.txt.
Tuttavia, poichè non sappiamo nè come nè quando hai aggiornato... direi che il tentativo per 'prove ed errori' che ti ho detto prima sia l'unica alternativa.
Oppure interviene un guru che dice altro di meglio da me.
In ogni caso, se googli, vedrai che ci sono pagine intere di richieste e soluzioni al tuo medesimo problema, proprio su questo forum.
Ciauzzzzzzzz
Osiride