Attenta che i database sono intercambiabili, quando hanno la stessa struttura, tu vuoi inserire un database creato con msql dentro mysql?
la strada non è semplicissima tipo clicchi qui e confermi di la, devi farti uno script per nidificare correttamente le tabelle di joomla........
Poi una domanda? immagino che tu abbia articoli, categorie, utenti da importare, insomma contenuti similari a quelli che joomla produce..., perchè se hai mele susine e banane stiamo parlando di aria.
meglio che spieghi meglio quello che vuoi fare.