cioa max, premetto subito che
la mia risposta NON sarà illuminante non conosco il template che stai rimaneggiando, e vedere così i css da soli mi è nn mi permette di aiutarti (non so neanche se ne sarei in grado
). Io ti consiglio di non fossilizzarti solo a cercae nei css e di guardare anche nel file index.php del template. Perchè:
devi vedere come stanno messi i div (solo a capire che c'è una classe cleaner intuisco che è un layout fatto di livelli). C'è un livello contenitore?
come si chiama la tua colonna che non è allineata?
a quale selettore è "abbinata"?
come si allinea con il l'altra colonna?
con il float?se si, devi vederti un tutorial sul float, perchè a volte serve un comando clear a contenere il float.
io partirei da qui per sbrogliare la matassa.
Purtroppo nn posso dirti altro, se nn "fatti coraggio" ... io che già facevo siti, sono approdatta ai css con joomla e ci sto andando fuori di testa
ciao