Il problema inteso come preferenze fra phpmail ed smtp è lo spam, la configurazione php mail permette di inviare posta da qualsiasi server che abbia installato lo script, come conseguenza non è possibile determinare, oltre al solo IP, il dominio di partenza e l'autenticita della email del mittente. Inviando con SMTP si ha un livello di garanzia superiore e viene utilizzato principalmente un server esterno al server del dominio web.
