In effetti, quello che vorrei fare è proprio realizzare un nuovo tema basandomi su bootstrap... e valutando le varie strade possibili, una di queste era appunto modificare protostar.
Un'altra strada che a prima vista non mi sembra male è la seguente: includere il bootstrap.min.css e il bootstrap-responsive.css dalla cartella media, e creare un file css nel template in cui fare un override degli stili di bootstrap. Così otterei un file css con meno righe e magari più gestibile...
Che ne dite di quest'approccio?