Possibilmente mantieni intatte le url già ben posizionate, come ti è stato già consigliato, quindi, visto che sono posizionate, valuta bene quanto cambiare i contenuti di queste pagine.
Effettuato il passaggio e controllati i contenuti, con i webmaster tools valuta tutti gli errori segnalati e cerca di correggerli dove possibile.
Poi per il resto diventerà normale operatività seo...