"Inserire le parole chiave" detto così in modo generico non ha molto senso.
E' vero, una parola chiave è nell'url base del sito.
Ti avviso comunque che finalmente in base ai più recenti aggiornamenti dell'algoritmo si Google, i siti internet con parola chiave nel nome di dominio stanno progressivamente perdendo i loro vantaggi competitivi nei risultati delle ricerche.
Per il resto non è che si tratti di inserire in qualche luogo misterioso le parole chiave, semplicemente se il sito riguarda alcuni argomenti, le parole chiave legate a questi argomenti saranno particolarmente importanti nel sito e quindi saranno valutate importanti anche dai motori di ricerca. Il lavoro consuste nel collimare le parole chiave più cercate dagli utenti del tuo settore, cone le parole che ha senso presentare nel sito, senza forzare eccessivamente.
Per l'inserimento di codici, tipo analytics, se usi joomla spesso puoi farlo dalle impostazioni del tema grafico oppure con qualche semplice estensione senza andare in cerca dei file sorgenti.
Qui hai tutte le estensioni che vuoi:
http://extensions.joomla.org/extensionsCiao