ciao alex, quello dovevi farlo prima proprio per evitare che ti attaccassero, per questo nella 2.5 è stato integrato il gestore degli aggiornamenti..
ora puoi provare a raccogliere col cucchiaino i frammenti di sito che sono rimasti... devi esaminare bene il codice ed eliminare o ripristinare le parti infette.. è un'operazione manuale quindi non hai bisogno di semplici indicazioni ma di tanta tanta pazienza nel cercare i problemi..
La soluzione sarebbe molto più semplice se tu avessi a disposizione un backup del sito in modo da poter ripristinare tutto senza perdere nulla ed aggiornare immediatamente all'ultima versione joomla 1.5