Fare la migrazione non è processo semplice e indolore.
Talvolta viene bloccata da un carattere speciale in un articolo, un nome particolare di un file, un determinato plugin o estensione. Dovete attivare il debug per capire dove si blocca e disattivare o disinstallare quello che confligge...
Hai perfettamente ragione! Uno dei problemi più grandi sono proprio i titoli degli articoli, spesso con virgole, slash / e apici che non dovrebbero esserci, così finchè uno non fa operazioni strane tutto funziona, poi quando si deve fare una migrazione sono dolori.
Temo che non ci saranno mai guide a sufficienza su come avere cura del proprio sito.
La sciatteria che ho visto nei siti di cui per un motivo e per un altro ho dato assistenza è inversamente proporzionale al tempo dedicato per utilizzare joomla a livello basico.
Consiglio di riprovare a fare una migrazione usando "J2XML Importer", importando a zona (prima le categorie, poi gli articoli e via dicendo), forse così si circonscriverà il problema.