ragazzi, ho avuto lo stesso problema su una decina di miei siti a cui sto disperatamente lavorando quotidianamente poiché purtroppo alcuni sono stati messi in black list da google.
Credo, dico a bassa voce, di aver risolto.
Il malware ruba le credenziali di accesso ftp e inietta tutti i siti presenti con quel iframe javascrip.
Soluzione? come già detto da altri, sperare di avere un backup pulito e sovrascrive tutti i file, nel caso contrario tocca ripulirseli a mano...lo so, sono tantissimi file....
secondo, notificare quanto successo al proprio fornitore di hosting e chiedere aiuto anche a loro....gli hosting più scarsi mi hanno solo risposto che il problema risiedeva nei miei file altri invece si sono rivelati disponibili indicandomi anche qualche file infetto che avevo tralasciato.
una volta sicuri di aver ripulito tutto passare al cambio password sia ftp e amministrazione...
se andati in blacklist notificare a google che il sito è pulito e in breve tempo effettueranno loro stessi ulteriore controllo che in caso positivo vi sbloccherà il sito dall'avviso di sito potenzialmente dannoso..
spero di esser stato di aiuto..