Ciao,
mi sorge un piccolo dubbio, non è che hai lavorato in locale in ambiente "non Linux" e poi hai trasferito il tutto su un server invece Linux? Se lo confermi c'è possibilità d'aver incasinato i "permessi" per cartelle e file.
Come hai effettuato il trasferimento? Il miglior modo possibile e via akeeba e poi kickstart.
Via FTP? allora è accaduto come nel caso più sopra e si sono persi i permessi.
Per controllare i "permessi" puoi vederli usando un programma FTP tipo FILEZILLAche è gratuito e lavora molto ma molto bene.