Ad esempio, se aggiungo un bottone "registrati", voglio che se uno è già loggato non lo veda, in quanto deve essere visibile solo a chi deve ancora registrarsi o fare il login.
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..infatti così funziona joomla, se aggiungi "cose" tu il problema è diverso e il bottone lo hai aggiunto tu perchè normalmente se vai su un contenuto per registrati vieni rediretto al login o alla registrazione...ma non scompare il menù che linka all'articolo riservato
Ma puoi ugualmente arrivarci, andando come dici contro una logica, studiando molto bene le ACL di joomla.
Dovrai giocare con gruppi e livelli quindi non bastano rapide letture.