Una volta risolto il problema di pc infetti (che ci sono)
devi rifare lo stesso sito in locale fregandotene dei contenuti, usando stesso joomla e stesse estenioni.
scarichi il remoto e trovi le differenze con un tool che fa il file diff.
A te non interessa il contenuto dei files ma solo i files e le cartelle in + nel remoto, quelle andranno controllate a mano file per file (con un editor fuori dall'ambiente lamp, prima di rimetterle nel nuovo sito al loro posto originario.
Dopodichè cancelli tutto in remoto e riuppi i nuovi files.
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