No, il fatto che appartengano a categorie e/o sezioni diverse non incide. Mi pare proprio strano il fatto che, probabilmente in 6^ posizione c'è. Il fatto è che non ci sono i primi cinque articoli.
Fossi in te, darei, come prima cosa, un'altra occhiata alla struttura dell'index.
I moduli delle ultime notizie (dove, guarda caso, ci stanno proprio le prime 5 notizia, quelle mancanti) e dei più letti si sovrappongono al top menu.