Non per dire ma è veramente strano che caricandoli una prima volta i tuoi file non hanno i permessi di scrittura. Potrebbe non esser andato a buon fine qualcusa, oppure hai per sbaglio modificato qualche opzione del tuo client ftp, o proprio il client è sballato , o il server web che stai utilizzando. Perchè non provi prima a caricare un altro Joomla in una cartellina del tuo web con un altro client ftp? Oppure potrebbe anche darsi che tu abbia caricato i file di joomla nella home invece che nella cartella riconosciuta dal webserver (questo è un bordello da far capire). Magari prova anche ad indicare maggiori dettagli sul tuo hosting potrebbe esser utile per risolvere il problema.