Ci sono riuscito, per farlo funzionare ho dovuto scrivere il codice in questa maniera:
define( '_JEXEC', 1 );
define( 'DS', DIRECTORY_SEPARATOR );
define('JPATH_BASE', '../../' );
require_once ( JPATH_BASE .DS.'includes'.DS.'defines.php' );
require_once ( JPATH_BASE .DS.'includes'.DS.'framework.php' );
$mainframe =& JFactory::getApplication('site');
$mainframe->initialise();
$session =& JFactory::getSession();
$user = $session->get( 'user' );
echo $user->id;
[size=78%]Mentre quello che mi avevi consigliato, mi faceva spuntare soltanto uno 0, anche quando l'utente è loggato.[/size]
[size=78%]Grazie[/size]