Ciao,
bé, per "formattare" il database, da phpmyadmin, cancelli proprio il database e lo ricrei magari con lo stesso nome, bello vuoto e pronto per accogliere nuovamente le tue tabelle.
Caso mai tu avessi online più di un database, importi le tabelle in uno nuovo, cambi il nome DB nel file configuration.php e rimetti tutto il tuo sito nella root dove si trovava pirma e dovrebbe funzionare alla grande.
Se non puoi cancellare il DB puoi cancellare una tabella alla volta...