Sono riuscito a risolvere il problema con il supporto di ChronoEngines.
Il problema non risiede in Chronoform ma nella configurazione di PHP.
La mia installazione locale di PHP (XAMPP), aveva la variabile "max_input_vars" commentata e con un valore standard di 1000.
Sembra che il wizard del form, generi un gandissimo numero di variabili passate al server tramite POST, che superavano il massimo consentito, per cui il salvataggio si interrompeva in modo anomalo.
Settando la variabile a 10000 non dovrei avere più problemi.