L'ho installato e sto provando, come dici tu effettivamente le modifiche che faccio in custom.css si applicano a tutti i moduli (e non è quello che mi serve), adesso mi sembra di capire che devo creare una o più "classi" diverse per ogni tipo di modulo (elemento) che voglio visualizzare in maniera diversa.
Adesso mi studio come si fa, ho solo (si fa per dire) un dubbio, la classe .mod-box viene richiamata sia in custom.css che in modules.css ma firebug mi fa vedere quella richiamata in modules.css con una riga sopra, vuol dire che non viene considerata perchè quella in custom.css è prioritaria ?