ciao
non sono un esperto ma anzi.. stavo per postare un quesito e leggendo il tuo posso darti forse una piccola info.
di base, come dici, non si potrebbe perchè in ftp crei si il file ma non lo abbini a joomla tramite database quindi lui non lo vede e non lo mostra.
Comunque ci sono estensioni, come remository ad esempio, che ti permettono di caricare tutti i file da ftp e poi abbinarli dopo. Non so bene il funzionamento perchè così non lo ho mai testato però l'opzione c'è.
Sempre con remository puoi caricare i file da frontend accedendo con l'user amministratore alle cartelle dei clienti.
Questo è il piccolo contributo che posso darti
