Ciao a tutti. Ho risolto il mio problema.
Componente banner -> Nuovo -> Tipo banner -> scelto
codice invece che immagine.
Nell'area dedicata al codice ho inserito il codice suggerito a questo link:
http://forum.joomla.org/viewtopic.php?p=2564818(viene creato un tag <a> sovrapposto al banner di dimensioni pari al banner per poter permettere il click. In IE però, se non viene specificato uno sfondo al tag <a>, questo non viene visualizzato. Quindi come background del tag <a> ho creato un immagine trasparente delle stesse dimensioni del banner)
Nel tag <a> ho inserito il link al banner sul mio sito, per permettere il conteggio dei link:
urldelsito/component/banners/click/18.html (dove 18 è l'id del mio banner)
Nel campo Url click delle impostazioni ho invece inserito il link effettivo a cui il banner deve puntare.
Grazie comunque per l'aiuto.
Spero di essere stata chiara