in che senso non va più? non accedi? non vedi le cartelle? Questo è strano. Può anche darsi che siano stati cambiati i permessi di files e cartelle e che adesso il proprietario di files e cartelle sia l'utente apache, ma questo non dovrebbe impedire l'accesso all'ftp.
Inoltre, Altervista ha un pannello per la gestione dei files. Puoi caricare, cancellare, rinominare e modificare qualsiasi file.
Insisto che tu verifichi la presenza nella root di joomla un configuration.php
