meno male

, per spostare joomla nella root principale segui
questa semplice guida è per joomla 1.5 ma va bene anche per joomla 2.5, la parte del htaccess la puoi anche non fare visto che il sito non è indicizzato e che poi lo trasferirai quindi fai solo la prima parte i punti da 1 a 8.
Comunque prima di sostituire con questa quella sull'host principale dove c'è la vecchia versione, alla vecchia fagli un backup cosi quando uscira il prossimo aggiornamento per j.2.5 puoi controllare che funzioni correttamente, perche una delle modifiche principali che effettua altervista è proprio nell'aggiornamento che si affettua tramite il loro pannello di controllo
Edit: tieni presente che altervista per fare il redirect alla cartella joomla crea un paio di files nella root principale se non sbaglio un htaccess e un index.php che dovrai rimuovere per spostare i tuoi da /joomla alla root principale