il problema NON è la compatibilità, ma l'integrazione, in senso di bridging, generalmente con gli utenti.
è esattamente come con oscommerce o altre applicazioni standalone, che ESULANO da joomla, ma se vuoi integrarle ci devi o smanettare od avere un bridge adatto, e non mi risulta che abbia un bridge di questo genere...
hai già provato a chiedere nel LORO forum?
ciao
jk
p.s. fra l'altro i problemi sono più che altro di piattaforma server, dovresti far girare joomla sotto win, che non è proprio il suo ambiente ideale e POI integrarli... la vedo molto dura e con budget elevati...