Intanto ti premetto che i 2 alert non causano nessun malfunzionamento a joomla e quindi puoi installarlo e usarlo tranquillamente.
Il primo dice che le register_globals sono attive, e' una configurazione di php quindi del server e non e' detto che il tuo provider sia disposto a disattivarla (tipo sgaragnao)
La seconda puoi disattivarla editando il file globals.php, ma nota che alcuni componenti che installi potrebbero avere problemi, devi provare.