Ciao marco31,
dalla versione 2.5.x in avanti Joomla! controlla se ci sono "sue" nuove versioni e la ricerca/update può essere configurata per cercare versioni a lungo termine/breve termine etc..
Le estensioni vengono segnalate solo se "aderiscono" a questo standard di aggiornamento e non tutte ancora lo fanno, JCE, GANTRY, K2 sono le prime che mi vengono in mente ad aver aderito ed essere segnalate nel backend di Joomla! come aggiornabili.
Non ho mai riscontrato alcun problema almeno fino ad ora con nessun aggiornamento. A parte quello di Joomla! 2.5.10 ->2.5.11 perché contente alcuni "bachi"