figurati!
Gli articoli di joomla! sono salvati nel database, e quindi, per esplorarli in cerca di codice puoi fare direttamente da phpmyadmin (ma è lento e faticoso) oppure fai una export in formato mysql e la esamini in locale anche con un semplice notepad.
il mio consiglio è quello di scaricarti via FTP tutto il sito in locale, e far scansionare ad più di un antivirus tutti i tuoi file php...
Se hai già provveduto a scaricare in locale, usa più di un antivirus... intanto metti il sito off-line anche perché se entri nelle blacklist dei siti "infetti" poi uscirne diventa una tragedia.