Ciao,
volevo dare il mio contributo sul discorso "bandierine".
Ho avuto il tuo stesso problema e ho provato a risolverlo come hai fatto tu aggiungendo "/flags" alla voce flags directory.
Pero' anche in questo modo, a differenza tua, continuavo ad avere il problema.
Alla fine mi sono impuntato e ho capito che il problema si trova nel file extensionHelper.php presente nella directory administrator\components\com_joomfish\helpers
Nella funzione getLanguageImageSource della classe JoomfishExtensionHelper c'e' questa sequenza di iscrizioni che creano il path utilizzato per la ricerca delle immagini (bandierine)
if ( JFile::exists( JPATH_SITE .'/templates/'. $cur_template .'/'.$path ) ) {
self::$imagePath[$path] = '/templates/'. $cur_template .'/'.$path;
} elseif ( JFile::exists ( JPATH_SITE .DS. $path )) {
self::$imagePath[$path] = $path;
} elseif ( JFile::exists ( JPATH_SITE . $media .DS. $path )) {
self::$imagePath[$path] = $media .DS. $path;
} else {
self::$imagePath[$path] = $path;
}
Il problema viene creato da .DS. (Directory Separator) che su ambienti Unix viene interpretato come '/' mentre su ambienti Windows come '\' .
Nel codice riportato sopra ho sostituito i vari DS con '/' e tutto ha ripreso a funzionare correttamente...senza fare altro.
Spero di essere stato utile.