Non è sicuramente la via migliore, ma ho trovato un workaround per tamponare il problema:
nel file helper.php del modulo, nella funzione loadMediaFiles, ho aggiunto la riga
JHTML::script( 'media/system/js/mootools-core.js');
che include mootools, e l'ho piazzata prima del file js usato dal modulo.
Non è certo la soluzione migliore, in quanto:
1) potrebbe (non ne sono sicuro) creare problemi a successive importazioni dello stesso file mootools;
2) avendo modificato un file (non template) del modulo mi "gioco" la possibilità di aggiornarlo a cuor leggero, perchè ad ogni aggiornamento dovrò rimettere mano alla stessa funzione (sempre che in future versioni non risolvano il problema)
Detto questo spero che il post possa essere di aiuto a qualcuno.. per quanto mi riguarda lo considero chiuso.