ciao,
non c'è motivo di andare a modificare i templates se non hai particolari esigenze. Ogni tag c'è perché ha una sua funzione altrimenti non ce lo mettevano.
In particolare solitamente al tag con classe clear o clr si attribuisce uno stile css clear:both; in modo da resettare il float degli elementi successivi. E' una caratteristica dell'html e del css e non di Joomla!, infatti puoi trovarlo anche in altri contesti
