intanto metti il sito offline.
questo perché più sarà visitato da utenti e spider sarà sempre segnalato come infetto.
poi scarichi tutto in locale
sovrascrivi tutti i file con una installazione di Joomla! stessa versione!!! tranne la cartella "installation" ovviamente.
sovrascrivi eventualmente anche il file del template... se non l'avevi modificato (perderai ogni modifica)
una veloce passata ai file con qualche antivirus... e via!
rimetti tutto on-line via ftp e dovrebbe funzionare tutto.
p.s: questa è una soluzione Radicale ma a mio avviso funziona meglio di una eventuale ricerca/rimozione manuale..