Se non ti interessa la parte presentativa dell'azienda mi sposterei verso altri cms. Prestashop (assolutamente gratuito) mi sembra l'ideale.
Se desideri invece affiancare ad un negozio senza troppe pretese una parte testuale che descriva l'azienda o desideri offrire ulteriori funzionalità ai visitatori puoi scegliere di utilizzare Joomla con Joomshop, hikashop o virtuemart (o quant'altro, non so quante ne esistono di preciso
).
Nell'open source comunque tutte le funzionalità di base sono gratuite quindi tutte le soluzioni che ti sto consigliando sono free al 100%
Le personalizzazioni non sempre dipendono dagli sviluppatori (vedi dirtuemart) o comunque capita che questi scelgano di ripagare il tempo speso nello sviluppo con eventuali estensioni extra (vedi joomshop) che consentono di estendere le funzionalità del componente con piccoli contribuiti.
Ho visto che hai aperto qualche altro topic sull'argomento ed a quanto ho capito hai problemi con la nuova versione di virtuemart: solitamente deve passare un po di tempo prima che si stabilizzi la situazione e gli errori vengano corretti pertanto ti consiglio per ora di seguire la massa e di continuare ad utilizzare le versioni stabili (come la 1 versione) o altre estensioni più semplici come joomshop.
L'unica pecca di questi ultimi due componenti è che non sono i più utilizzati in assoluto pertanto il supporto potrebbe essere limitato. Potrebbero ad esempio non esistere traduzioni complete in italiano (ma è tutto da dimostrare), guide complete, ecc...
edit: ci tengo a precisare che non mi intendo molto dettagliatamente di e-commerce per cui se desideri pareri più specifici sui singoli componenti ti consiglio di aprire un altro topic ed attendere il parere di qualche luminare...
Il discorso che ti faccio è molto generico e vale per qualunque cms e per qualunque estensione..