La versione quickstart è una versione di joomla con determinate impostazioni; ad esempio la posizione dei moduli e le impostazioni di componenti, plug-in e template.....
per poterla installare devi rimuovere completamente il vecchio sito, quindi questo determinerà che non avrai nessun vecchio contenuto, a meno che in un secondo tempo fai qualche operazione di importazione attraverso l'interfaccia phpmyadmin.
In caso tu volessi procedere ti consiglio di fare un backup del database e dei file ospitati dal server.