Penso sia la soluzione migliore.
Certamente sarà un lavoro impegnativo, ma almeno ti risolve il problema alla fonte.
Se hai a disposizione e utilizzi cPanel, tramite file manager potresti zippare prima tutto il sito, così lo neutralizzi e non perdi nulla, poi caricare quello offline.
Se qualcosa non gira, almeno hai sempre quello zippato che puoi riutilizzare come estremo rimedio in attesa di altre soluzioni.
Vi sono abbondanti descrizioni su come lavorare nei file di sistema per scovare il malaware....ma io non mi ci metto certo....troppo complicato...va bene per specialisti del settore.
Auguri....