Risolto! L'host mi ha comunicato che le cartelle non c'erano, mentre io su joomla le vedevo, quindi ho creato le cartelle dal pannello di controllo dell'hosting e ho copiato tutti i file che avevo nelle stesse cartelle
sul backup del vecchio sito. Chissà forse avrei dovuto pensarci mentre facevo l'aggiornamento.
Cmq grazie