strano, se non sei tu a decidere quale versione di quale ramo installare, joomla non lo fa da solo.
L'errore dice che joomla per funzionare deve avere php5.3, la direttiva credo che serva ad altro.
penso che con una sovrascrittura dei file del sito ripristini la funzionalità, a patto che tu abbia impostato il php5.3 dal pannello di controllo dell'hosting (in cui molto probabilmente c'è anche un php.ini dedicato a joomla)