La migrazione si deve fare sempre su una nuova installazione di joomla (senza dati di esempio) come giustamente scritto nella guida. Non ti preoccupare del numero di articoli.
La tua quickstart contiene oltre al template, i moduli già predisposti e con dei dati di esempio, dati che sicuramente non ti servono.
Il template lo puoi copiare dalla quickstart alla nuova installazione, e i moduli li puoi ricreare seguendo le posizioni dello quickstart.
Io così procederei...