Sei sicurissimo di aver disabilitato tutto?
L'aggiornamento, per quel poco che ho fatto, non da nessun problema di sorta, solo e solamente se appunto ci sono "estensioni" valide solo per la vecchia versione di joomla che danno problemi.
Uso due ambienti in locali: un Ubuntu 12.10 con LAMP e Windows usando WAMP siaa 32 bit che a 64 bit e non ho mai riscontrato, fino ad ora problemi. Sento dire in giro di usare Xampp 1.7.3 ma personalmente non saprei dirti altro in merito.
Se dall'ambiente Joomla 2.5 disabiliti tutto, metti un template di default, metti off-line il sito e usi akeeba backup ultimissima versione e poi in locale tiri su il sito e poi fai la migrazione come già suggerito usando il file magari scaricato da qui, mi riferisco a quello 2.5.x verso 3.0 e poi quello 3.0 verso 3.1.5 ti funziona tutto?
Io seguo questa procedura e, ripeto, mai avuto nessunissimo problema che non potessi risolvere in pochi minuti.
Correttamente l'upgrade si fa con i pacchetti di aggiornamento:
2.5.x verso 3.0
e poi
3.0 verso 3.1.5
Più di così non saprei aiutarti