non ho mai lavorato con protostar, ma per quanto ne so non ha particolari problematiche di modifica, a meno che tu non voglia utilizzare less e compilare i tuoi stili.
Ora che ricordo ho dato un paio di strighe css per modificare alcuni stili su questo template e non sono sorti problemi.
magari, come sicuramente sai, inserisci un link al sito e tocchiamo con mano il problema.