Allora, rifo un po' più chiaramente, visto che non so perchè ma è successo anche a me...
Se fallisce l'aggiornamento come sistemare manualmente.
Sul pannello di Joomla compare il link dello zip che viene installato automaticamente, cliccateci e vi scaricate lo zip.
Decomprimetelo e via ftp (filezilla caricate tutto il contenuto sovrascrivendo il remoto
Nella cartella administrator/components/com_admin/sql/updates/mysql/ trovate il file .sql che l'aggiornamento usa per modificare il database 3.2.sql
Se lo aprite vedete che tutte le tabelle hanno come prefisso #_ seguito dall'effettivo _ e dal nome della tabella
#_ è la parte che Joomla sostituisce con il vostro prefisso prendendolo dal configuration, siccome state facendo manualmente, questò non accadrà per magia, bisogna farlo ...manualmente.
Con un editor che trova e sostituisce sostituite tutti i #_ con il prefisso delle tabelle del vs db.
Copiate le righe contenute nel file e ora modificate in Phpmyadmin (recandovi sul database di joomla se ne avete più di uno) sulla vista "SQL", incollatele e fategli eseguire la query