a dire il vero joomla ha una sola pagina /index.php, all'interno alla quale è attaccato un template e al suo interno sono caricati componenti e moduli.
quindi nove su dieci è stata modificata la index.php in root o quella nel template. altre volte potrebbe essere un modulo che hai caricato, famoso in questo forum è il caso di plimun nivo.
ti consiglierei anche di dare un occhiata a webmaster tool di google, in modo da verificare se e in quali pagini google ha trovato il virus e non ritrovarti il sito eliminato dalle serp del medesimo per un lungo periodo.
ciao,
marco