Ciao e buongiorno,
io non sono un esperto di "posizionamento" Su Google ma, avendo già avuto esperienze in merito a migrazioni varie ti posso dire quello che ho notato:
nessuna perdita se nella migrazione si rispettano nomi menu e alias, cioè se la struttura resta indentica, in questo modo google se prima trovata un tuo articolo come:
www.miosito.it/articolo.html lo stesso dovrà avvenire cambiando solo versione di Joomla! o Template e cioè che l'articolo sia sempre raggiungibile in quella maniera, cosa che viene garantita lavorando "bene"
Il posizionamento cmq non penso dipenda dalla versione di Joomla, ma come ben sai, dalla qualità degli articoli e da altri fattori non meno marginali.
Quindi, in definitva, se lasci tutto invariato nelle url a Google già note non dovresti correre alcun rischio, diversamente dovrai agire nel file htaccess con dei redirect tanti quanti saranno i cambiamenti effettuati.